Analyse

0-9 a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x y z
NGS Vaste Tumor DNA (Capture-based TWIST) - FFPE materiaal (vaste tumoren), FFPE cytologie, EBUS - 5 x 5µm
Ordernr.854
AnalysenaamNGS Vaste Tumor DNA (Capture-based TWIST) - FFPE materiaal (vaste tumoren), FFPE cytologie, EBUS - 5 x 5µm
AanvraagformulierAanvraag Moleculair Pathologisch Onderzoek
SynoniemenNGS, ffpe, vaste tumor, DNA, capture, hybridizatie
Opmerking extern
Het NGS vaste tumor panel is een custom-designed en door TWIST ontwikkelde pre-analytische library prep (capture-based). De target regio’s voor het vaste tumor panel werden door AZ St. Lucas gedefinieerd. Analyse gebeurt met een NextSeq550Dx en een mid-output 150 cycle flow cell.
Volgende 100 genen worden geanalyseerd op puntmutaties (SNV), kleine inserties en/of selectieve genamplificaties:

AKT1, ALK, AR, ARAF, ARID1A, ARID5B, ATM, BAP1, BARD1, BCOR, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CCND1, CCNE1, CDK12, CDK4, CDK6, CDKN2A, CHEK1, CHEK2, CIC, CTNNB1, DDR2, DPYD, EGFR, EPHA7, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC2, ESR1, FAM175A, FANCL, FANCM, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FOXL2, GATA3, GLI1, GNA11, GNAQ, GNAS, H3C2, H3C3, H3F3A, HRAS, IDH1, IDH2, KAT6A, KDR, KEAP1, KIT, KRAS, MAP2K1, MCL1, MDM2, MEN1, MET, MGA, MYC, NRAS, NTRK1, NTRK3, PAK5, PALB2, PBRM1, PDGFRA, PIK3CA, PIK3R1, POLD1, POLE, POLQ, PPP2R1A, PTEN, PTPRT, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, RAF1, RB1, RET, ROS1, SETD2, SLCO1B1, SMAD4, SMARCA4, SMO, STK11, TERT (promoter), TET1, TP53, UGT1A1, VHL, YES1
Verder worden 14 microsatellieten gecontroleerd ter bepaling van de MSI status:
MSI_ACVR2A, MSI_BAT25_KIT, MSI_BAT26_MSH2, MSI_BTBD7, MSI_CAT25_CASP2, MSI_DIDO_3UTR, MSI_MRE11, MSI_NR21_SLC7A8, MSI_NR22_STT3A, MSI_NR24_ZNF2, MSI_NR27_BIRC3, MSI_RYR3, MSI_SEC31A, MSI_SULF2_3UTR.
Tenslotte wordt op basis van 301 hypervariabele SNP’s gescreend voor volgende chromosomale aberraties:
+7, -10, 13q deletie, 1p/19q codeletie.   
Details omtrent genomische posities (en overeenkomende aminozuur posities) van de targets kan opgevraagd worden in het klinisch lab.                     
Er worden uitsluitend (vermoedelijk) pathogene mutaties met een variant allel frequentie (VAF) vanaf 5% bij minimaal 500x gerapporteerd. In geval van klinische relevantie (vraagstelling) kunnen bepaalde (vermoedelijk) pathogene varianten vanaf 2% VAF bij >500x worden gerapporteerd (= detectielimiet). Indien lagere coverage optreedt wordt de VAF cutoff trapsgewijs verhoogd (minimaal tumorcelpercentage 20%): 
                                      
<50x: geen variant calling mogelijk (gerapporteerd als ‘low coverage’ regio’s)
50x - 199x coverage: VAF vanaf 10%
200x - 499x coverage: VAF vanaf 5%
vanaf 500x: coverage: VAF vanaf 2%
 
Bij sommige stalen met suboptimale performantie wordt de rapporteringslimiet verhoogd naar 10% variant frequentie.
 
De tumor suppressorgenen (ATM, BRCA1, BRCA2, FANCL, BAP1, CHEK1, CHEK2, PALB2, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, ARID1A, BARD1, BRIP1, CDKN2A, ERCC2, FBXW7, POLE, PTEN, SMAD4, TP53, PIK3R1, SMARCA4, POLD1, KEAP1, STK11, CIC, PTPRT, EPHA7, ARID5B, BCOR, TET1, RB1, VHL, SETD2, FAM175A, PAK5, GATA3, MGA, PBRM1, MEN1, CDK12, FANCM, POLQ) worden full-exon getarget doch te laag gecoverde regio’s (drop-outs) kunnen niet uitgesloten worden. Indien klinisch relevant worden deze vermeld in het klinisch rapport.
Tot slot worden in het rapport eveneens varianten met ongekende significantie (VUS) gerapporteerd met een variant frequentie vanaf 10%.
In bijlage een overzicht van alle relevante (klinische) informatie betreffende de NGS analysen en de transcript ID (NM nummers) van de genen opgenomen in panel.
 
Extractie: maandag en woensdag
Library prep: dinsdag/woensdag en donderdag
Sequencing: woensdag en donderdag
Rapportering: donderdag en vrijdag
(variaties mogelijk)
Klinische informatie
Voor de biologische en klinische interpretatie van varianten worden diverse databases gebruikt:
 
WHO gids (2016)        
www.mycancergenome.org
https://pct.mdanderson.org
www.cbioportal.org
www.varsome.com
https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic
www.oncokb.org
https://p53.iarc.fr/
http://vps338341.ovh.net/ (TP53 seshat database)
https://ckbhome.jax.org/
https://arup.utah.edu/database/BRCA/                                                                                                                       
https://brcaexchange.org/variants  
https://www.compermed.be/nl/guidelines
 

De ppt in bijlage bevat de werkstroom voor de (biologische) classificatie van varianten. (Vermoedelijk) Pathogene varianten worden opgenomen in het klinisch rapport. Relevante kiemcel varianten geassocieerd met farmacogenetica (DPYD, UGT1A1, SLCO1B1) worden geclassificeerd als 'Farmacogenetica'.
De (vermoedelijk) pathogene varianten worden eveneens klinisch geclassificeerd aan de hand van drie klassen:
 
- Klasse I: Significant klinisch belang
- Klasse 2: Mogelijk klinisch belang
- Klasse 3: Ongekende klinische betekenis
 
De biologische klasse van elke gerapporteerde variant en een bespreking van de klinische relevantie (indien aanwezig) worden opgenomen in het rapport.
 
BRCA1/2 LGR
Large Genomic Rearrangements in BRCA1/2 zijn moeilijk te detecteren met targeted NGS. De prevalentie van afwijkingen van dit type varieren sterk van zeer weinig frequent (<0.1%) tot +-10% in geval van populaties met een sterk founder effect. Varianten van dit type zijn voornamelijk als kiemcel beschreven in specifieke familiale BRCA-geassocieerde kankersyndromen (waardoor de klinische correlatie ikv menselijke erfelijkheid van belang is). Doch door CNV analyse van CNVPanelizer kan bijkomende coverage info (in geval van deleties) gedetecteerd worden waardoor in het besluit kan verwezen worden naar medische genetica bij vermoeden van grote BRCA deleties, doch dit is niet gevalideerd. Daarnaast wordt de pipeline nog verder geoptimaliseerd voor specifieke LGR detectie in BRCA1/2 detectie (Minucci A et al. Mol Biol 2020) (Musani V et al. Medicine 2017) ( Ellison G et al. Hum Mut 2018).   
 
Kankersyndromen
In het panel (evenals bij vorige Ampliseq methode) zijn genen opgenomen die geassocieerd zijn met kankersyndromen en aldus bij VAF 40-60% en >90% kunnen wijzen op een familiaal kankersyndroom. Bij omschakeling naar de nieuwe methode werd verwezen naar het feit dat geen onderscheid kan gemaakt worden tussen somatische of kiemcel varianten, naar analogie met de vorige methode. De voornaamste kankersyndromen zijn:
 
- HBOC ( borst/ovarium - BRCA1/2)
- Cowden (pan cancer - PTEN)
- Lynch/HNPCC (gastrointestinaal + endometriaal - mutatie in
  MMR genen)
- Li-Fraumeni (pan cancer - TP53)
- MEN (endocriene klieren) MEN1 (hypofyse, parathyroid, en
  pancreas) en MEN2 (medullair thyroid carcinoom)
- FAMMM (CDKN2A)
Potentiele kiemcel bevindingen dienen klinisch gecorreleerd te worden. Het al dan niet doorsturen naar een Centrum voor Menselijke Erfelijkheid is de verantwoordelijkheid van de (behandelende) arts.
Externe links
Recipiënt 1e keuzeFFPE materiaal (vaste tumoren), FFPE cytologie, EBUS
Recipiënt alternatiefgenomisch DNA (500ng)
Minimale hoeveelheid5 x 5µm
Afnamecondities
Transport van ffpe materiaal volgens interne procedures labo pathologie.
Transportcondities
Pre-analyse en snijden van ffpe materiaal volgens interne procedures labo pathologie.
Stabiliteit 4°CFFPE snippers: 1 week KT (analyse wordt steeds uitgevoerd)
DringendNee
Uitvoerfrequentie1-2x per week afhankelijk van aantal stalen (schaalbaarheid)
Antwoordtijd3-14dagen
Accreditatie (BELAC 377-MED)Nee
Aanrekening
ja
DoorstuuranalyseNee
CategorieMoleculaire biologie hemato-oncologie